La principal diferencia radica en que las App nativas se desarrollan específicamente por el sistema operativo de destino, por ejemplo Android o iOS. En este sentido, las apps nativas permiten aprovechar al máximo las ventajas de cada plataforma, ofreciendo de este modo una mayor fluidez y un rendimiento óptimo, así como la posibilidad de utilizar todas sus funcionalidades, como GPS, cámara etc. Hay que tener en cuenta a la hora de realizar el desarrollo que una app que quiera ser publicada por varios sistemas requerirá desarrollos independientes. De ahí deriva la principal ventaja de las apps HTML5 y web apps.

Las webapp son aplicaciones que se pueden consultar mediante cualquier navegador web de cualquier dispositivo que soporte la tecnología HTML5 / CSS3. Esta tecnología permite el uso de caché de datos, animaciones complejas, funcionalidades para obtener ubicación y adaptación al entorno de visualización (responsive design). Además, en caso de requerir actualizaciones, éstas serán visibles para el usuario al acceder a la app, sin necesidad de realizar descargas manuales. Hay que tener en cuenta que estas aplicaciones no formarán parte de las tiendas de Apps y no permitirán utilizar funcionalidades específicas del dispositivo, ofreciendo además, un rendimiento siempre menor a las aplicaciones nativas.

Las Apps HTML5/JS/API son un paso intermedio entre web apps y apps nativas. Partiendo de la idea de las webapp, existe la posibilidad de crear aplicaciones nativas que muestren la webapp, y que dispongan de acceso a determinadas funciones de cada sistema. Por ello, existen herramientas que permiten facilitar el desarrollo, tales como PhoneGap. El rendimiento de estas aplicaciones será menor al de las nativas, pero hay que tener en cuenta la notable reducción de complejidad a la hora de implementar aplicaciones multiplataforma.