La principal diferència rau en que les App natives es desenvolupen específicament pel sistema operatiu de destí, per exemple Android o iOS. En aquest sentit, les apps natives permeten aprofitar al màxim els avantatges de cada plataforma, oferint d’aquesta manera una major fluïdesa i un rendiment òptim, així com la possibilitat d’utilitzar totes les seves funcionalitats, com GPS, càmera etc. Cal tenir en compte a l’hora de realitzar el desenvolupament que una app que vulgui ser publicada per diversos sistemes requerirà desenvolupaments independents. D’aquí deriva el principal avantatge de les apps HTML5 i web apps.

Les webapp són aplicacions que es poden consultar mitjançant qualsevol navegador web de qualsevol dispositiu que suporti la tecnologia HTML5/CSS3. Aquesta tecnologia permet l’ús de caché de dades, animacions complexes, funcionalitats per obtenir ubicació i adaptació a l’entorn de visualització (responsive design). A més, en cas de requerir actualitzacions, aquestes seran visibles per l’usuari al accedir a l’app, sense necessitat de realitzar descarregues manuals. Cal tenir en compte que aquestes aplicacions no formaran part de les botigues d’Apps i no permetran utilitzar funcionalitats específiques del dispositiu, oferint a més, un rendiment sempre menor a les aplicacions natives.

Les Apps HTML5/JS/API són un pas entremig entre web apps i apps natives. Partint de l’idea de les webapp, existeix la possibilitat de crear aplicacions natives que mostrin la webapp, i que disposin d’accés a determinades funcions de cada sistema. Per això, existeixen eines que permeten facilitar el desenvolupament, com ara PhoneGAP. El rendiment d’aquestes aplicacions serà menor al de les natives, però cal tenir en compte la notable reducció de complexitat a l’hora d’implementar aplicacions multiplataforma.